Voor de kern Benthuizen is het bestemmingsplan 'Benthuizen' het vigerende bestemmingsplan. Dit bestemmingsplan is op 6 maart 2008 vastgesteld door de raad van de gemeente Rijnwoude. Door Gedeputeerde Staten van Zuid-Holland is vervolgens echter aan een deel van dit bestemmingsplan goedkeuring onthouden. De regionale waterkering die het gebied doorkruist is namelijk niet bestemd. Goedkeuring is daarom onthouden aan alle gronden waar de regionale waterkering en beschermingszone ingetekend had moeten zijn.
Voor de gronden die van goedkeuring zijn onthouden is het bestemmingsplan 'Dorp 1977' het vigerende plan. Dit bestemmingsplan is op 12 maart 1979 vastgesteld door de raad van de voormalige gemeente Benthuizen en op 2 september 1980 goedgekeurd door Gedeputeerde Staten van Zuid-Holland.