In het bestemmingsplangebied komen relatief veel bomen voor. Alle bomen in het gebied zijn beschermd door de Bomenverordening en de bijbehorende Groene Kaart (omgevingsvergunning). Bomen moeten bij herontwikkeling ingepast worden in het ontwerp. In tweede en derde instantie kan gedacht worden aan verplaatsing of kap. Bij deze laatste optie is herplant noodzakelijk.
Het gebied Delftse Jaagpad is door haar groene en blauwe karakter en relatieve rust rijk aan flora en fauna. In het Stadsnatuurmeetnet worden tweejaarlijks inventarisaties van flora en fauna in Leiden uitgevoerd. Een aantal meetpunten ligt in het bestemmingsplangebied Delftse Jaagpad.
Soorten die algemeen in het gebied voorkomen zijn de amfibieën Gewone pad, Bruine kikker en Groene kikker, vogels van struweel en bos zoals Merel, Zanglijster, Kauw, Winterkoning, Spreeuw. Diverse dagvlinders en libellen maken gebruik van het gebied. Vleermuizen die met name gebruikmaken van de Vliet, trekvliet en Korte Vliet als vliegroute zijn de Watervleermuis, Meervleermuis, Laatvlieger en Gewone en Ruige dwergvleermuis.
Iedere ruimtelijke ontwikkeling dient rekening te houden met het voorkomen van flora en fauna. Alle soorten in Nederland inclusief hun verblijf-, paar- en nestelverblijven in Nederland zijn in de Flora- en Faunawet beschermd. De ‘Gedragscode voor Ruimtelijke Ontwikkelingen in Leiden. De Flora- en faunawet in praktijk’ is een handleiding voor het voorkomen van conflicten met deze wet. Bij iedere ruimtelijke ontwikkeling dient nagegaan te worden welke soorten voorkomen en gebruikmaken van het plangebied. Deze inventarisatie van het voorkomen van soorten is seizoensafhankelijk en moet daarom in een vroegtijdig stadium van de planontwikkeling ingepland worden. Voor streng beschermde soorten dienen mitigerende dan wel compenserende maatregelen genomen te worden.
Dit bestemmingsplan maakt echter geen nieuwe bouwmogelijkheden mogelijk in belangrijke groenvoorzieningen of op andere locaties.