In het concept voorontwerp bestemmingsplan “Woerdblok” is verwoord dat de natuurwaarden in het plangebied zeer beperkt zijn als gevolg van het gebruik van een zeer groot deel van het plangebied ten behoeve van de glastuinbouw. Op of in de directe omgeving van de te vervangen kassencomplexen of de reeds braakliggende percelen broeden in bepaalde perioden mogelijk enkele beschermde, doch zeer algemeen voorkomende vogelsoorten als merel, heggemus, roodborst, koolmees, spreeuw en huismus. Deze vogelsoorten zijn beschermd op grond van de Flora- en Faunawet. Indien in het broedseizoen werkzaamheden plaatsvinden waarbij nestplaatsen worden vernietigd of verstoord, is formeel een ontheffing vereist in het kader van de Flora- en Faunawet. De meeste natuurwaarden zullen worden aangetroffen aan de randen van het gebied (tuinen) en de begraafplaats. De huidige inrichting van het plangebied bestaat uit braakliggend bouwterrein. Door het huidig gebruik is er een lage natuurwaarde aanwezig.
Het flora en fauna onderzoek van de Woerdblok fase 3 en 4 ingekomen op 11 mei 2005 vermeldt geen belemmering voor de flora en fauna binnen het plangebied (Fauna consult, J.P.M. Hovens). Er wordt zelfs gesproken over een verbetering van de situatie. Daar de ontwikkeling onderdeel vormt van dit onderzochte gebied wordt volstaan met enkel een verwijzing naar dit onderzoek .
Voor het verstoren en verontrusten van dieren behorende tot een beschermde, inheemse diersoort is een ontheffing conform artikel 75 van de Flora en Fauna wet aangevraagd. Op 28 augustus 2006 (verzonden 31 augustus 2006) heeft de Minister van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit een ontheffing verleend voor het plangebied van fase III en IV van de woonwijk Woerdblok.