De EHS is in 1990 geïntroduceerd als antwoord op de achteruitgang van de natuur en biodiversiteit in Nederland. Later zijn hieraan de robuuste verbindingen toegevoegd, brede verbindingszones tussen natuurgebieden. Het kabinet heeft besloten deze verbindingen te schrappen, en in plaats daarvan in te zetten op het beter verbinden van natuurgebieden met het omringende agrarisch gebied.
Grotere natuurgebieden zijn gevarieerder. Er kan uitwisseling tussen soorten planten en dieren plaatsvinden. Verder bieden grotere natuurgebieden meer mogelijkheden voor recreatie. Daarnaast kunnen zij bij hevige regenval veel water vasthouden. Dit voorkomt dat elders gebieden overstromen, bijvoorbeeld waar veel mensen wonen.
In de EHS liggen:
- bestaande natuurgebieden, waaronder de 20 nationale parken;
- gebieden waar nieuwe natuur aangelegd wordt;
- landbouwgebieden, beheerd volgens agrarisch natuurbeheer;
- ruim 6 miljoen hectare grote wateren: meren, rivieren, de kustzone van de Noordzee en de Waddenzee.
De Nederlandse Ecologische Hoofdstructuur moet uiteindelijk samen met de natuurgebieden in andere Europese landen het aaneengesloten pan-Europees Ecologisch Netwerk (PEEN) vormen.